Как включить опцию отправки не в коробке:
Настройки → Общие настройки и интеграции → Другие сервисы → Новая Почта → Раздел "Отправка не в коробке":

Опция "Отправка не в коробке" при оформлении ТТН Новой Почты:

Если указываются параметры каждого места, то также появляется галочка "Не в коробке" для каждого места:
